自宅と会社にて、それぞれ使用しているMacBook Air。二台共にシステム終了が遅くなってしまいました。
通常、3秒かからずシャットダウンできるのが、30秒弱かかってしまいます。
システムログを見て、じっくり調べたところ、
会社の方は、Atok 2012とEvernoteが原因で、自宅の方はApple Hardware TestとNVRAMクリアで解決しました。

それでは、改善方法。
■ 会社で使用しているMBAの場合（Atok 2012とEvernoteが問題）

1. Atokのアップデートデータを再適用
   ATOK 2012 for Mac（ダウンロードモジュール）
   http://support.justsystems.com/faq/1032/app/servlet/qasearch
   以前アップデートしていても、もう一度アップデートをします。
   
2. Evernoteの自動起動をオフ
   システム環境設定 ⇒ ユーザとグループ ⇒ ログイン項目 で、Evernoteが自動的に開くことになっていたら、削除します。
   

　これだけです。

■ 自宅で使用しているMBAの場合（loginwindowに問題）

ログには、
loginwindow[**]: ERROR | -[ApplicationManager quitPrivateProcesses] | Private process did not quit
とあり、ここで10秒時間がかかっていることがわかりました。
どうやら、loginwindow と親プロセスの launchd に問題がありそうです。

1. Apple Hardware Testを実行（全テストを実行します。）
   

   MacBook Air で Apple Hardware Test を使う
   http://support.apple.com/kb/HT2644?viewlocale=ja_JP

2. NVRAMのクリア
   

   NVRAM／PRAM をリセットする
   http://support.apple.com/kb/HT1379?viewlocale=ja_JP

終了時間が早いのが魅力のひとつなので、両方解決して、すっきりしました。